Winkelhoff hat 1989 im Journal of Clinical Periodontology die Therapie einer akuten, aggressiven Parodontitis mit 3 x 375 mg Amoxicillin und 3 x 250 mg Metronidazol über acht Tage analysiert. Seitdem wird unter Winkelhoff-Cocktail Therapie die aggressiven und die schweren chronischen Parodontalerkrankungen behandelt.
Bei der Parodontitis, wo eine Antibiotikatherapie notwendig ist, ist die mikrobiologische Diagnostik der subgingivalen Plaque notwendig.

Bei der aggressiven Parodontitis, schwerer chronischen Parodontitis, Parodontitis, die trotz Therapie starke Attachmentverluste zeigen, sowie mittelschwere bis schwere Parodontitis bei systemischen Erkrankungen oder Zuständen, die die Funktion des Immunsystems beeinträchtigen, ist die Antibiotikaanwendung richtig.

Bei Nachweis des Aggregatibacter actinomycetemcomitans und/oder den Parodontalpathogenen des roten Komplexes (Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Treponema denticola) ist die unterstützende Gabe des „Winkelhoff-Cocktails“ im Rahmen der systematischen Parodontaltherapie möglich.

Der modifizierte Winkelhoff-Cocktail ist bei Patienten mit schwerer chronischer oder aggressiver Parodontitis uneingeschränkt anwendbar. Es ist unwahrscheinlich, dass durch die Entwicklung von Resistenzen bei den parodontopathogenen Bakterien diese Standardtherapie nicht alle pathogenen Keime erreicht
Der modifizierte Winkelhoff-Cocktail ist als Standardtherapie bei Nachweis von A. actinomycetemcomitans und den Bakterien des roten Komplexes (P. gingivalis, T. denticola und T. forsythia) als Standardtherapie laut vielen Studien geeignet.
Die Wahrscheinlichkeit, dass unter Anwendung von Metronidazol und Amoxicillin potenziell pathogene Keime der Mundhöhle nicht erreicht werden
und die Therapie zu einer Superinfektion führt, ist zwar gering, aber nicht ausgeschlossen.